流产不全的二次清宫：对药流而言二次清宫的机率是很高的，一旦出现了药物流产不干净，残余的胎膜组织会造成血崩，须立即入院进行二次刮宫清理，否则会有生命危险，同时如果不当还可能对日后生育造成影响。
药流后并发的感染：药流后阴道出血时间较长，少则十几天，多则一个多月。在这过程中，整个生殖道极易感染，造成阴道炎、宫颈炎、盆腔炎、附件炎等各种疾病。
药物的强大副作用：据世界卫生组织统计，世界各国多次报道女性在服药过程中突发死亡的病例。此外，药流还会损伤卵巢，打乱女性内分泌，导致容颜加速衰老等副作用，所以药流的伤害不是短暂，它更可能是长久的且持续的。
可能会影响以后的正常妊娠：未婚妇女如反复妊娠、反复流产，可造成子宫内膜反复受损。由于子宫内膜有损伤，一旦她们需要正常妊娠，易发生前置胎盘，可引起产前大出血，也有些妇女由于多次人工流产而出现习惯性流产。
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