然而女性在怀孕时，阴道酸碱度会失衡，免疫力下降，很容易出现阴道炎，而孕育胎儿的子宫又通过宫颈管与阴道相通，如果人工流产手术前不进行必要的检查治疗，就可能把致病菌直接带入宫腔，导致产生各种炎症。比如子宫内膜炎等，病人可能出现高热、腹痛，严重的也可能危及生命。
人工流产手术最常见的并发症就是术后感染。平时，阴道内有许多细菌存在，宫颈管的下1/ 3段也有细菌生长。但因为有宫颈粘液栓填塞在宫颈管内，将子宫腔与阴道分隔开来，使这些细菌不能轻而易举地进入宫腔。
在行人工流产术时，手术器械需要经过阴道、宫颈进入宫腔，虽然遵循严格的手术操作规定，手术器械并不触碰阴道壁，但手术中扩张了宫颈管及宫颈内口，为细菌的上行感染提供了机会;况且细菌还有可能随手术器械直接进入宫腔。这就是人工流产手术后可能发生感染的原因。
我们知道，阴道内有许多细菌生长，菌群间平时处于共生状态，相互抑制，不会致病。而发生阴道炎时，这些细菌菌群间的平衡关系被打破，某些细菌过度生长，处于致病状态。如果此时不经治疗即行人工流产手术，那么致病菌进入宫腔的机会就会增加，从而使术后感染更容易发生。
因此，人工流产手术前常规做妇科检查和阴道分泌物化验，其目的之一就是要及时发现潜在的能引起术后感染的疾病，并给予治疗，以保证手术及术后的安全。这也是医生们一直建议不要在小诊所里悄悄“流走”的原因之一。
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